E-faktura 2027 – jak připravit firmu v roce 2026 (B2G + B2B)

Pojem „e-faktura“ se v Česku skloňuje od roku 2020, kdy stát zavedl povinnou elektronickou fakturaci v B2G (Business to Government). V roce 2024 ale Evropská komise schválila balíček ViDA(VAT in the Digital Age) a celá EU se připravuje na zlomový rok 2027, kdy se strukturovaná e-faktura stane standardem i v B2B vztazích.

Tento návod ti ukáže, co je e-faktura technicky, kdy už je v ČR povinná, jaké formáty existují (ISDOC, UBL, CII, Peppol) a jak v roce 2026 firmu připravit, abys v okamžiku, kdy spadnou nové povinnosti, neměl problém ani s klienty, ani s Finančním úřadem.

Obsah článku

• Co je e-faktura
• EU směrnice 2014/55 a 2024 (ViDA)
• B2G už od 1. 1. 2020
• Formáty ISDOC × UBL × CII
• Peppol BIS Billing 3.0 jako EU standard
• Systém ViESenDi pro B2G v ČR
• Národní elektronický nástroj (NEN)
• Povinné QR platby na faktuře
• Archivace 10 let podle ZoÚ
• Digitální podpis a eIDAS QES
• DPH a potvrzení příjemce
• Automatizace přes ERP (ABRA, Ježek, SAP)
• E-faktura vs. PDF — rozdíl pro odpočet DPH
• Vzor minimálních polí
• Časté chyby

Co je e-faktura

E-fakturanení sken papírové faktury ani PDF v e-mailu. Je to strukturovaný elektronický dokladv předem definovaném XML formátu, který umí počítač přečíst bez OCR. Lidská hlavička je sice pěkná, ale jádro je strojově zpracovatelná data: dodavatel, odběratel, položky, sazby DPH, cena, splatnost, bankovní účet.

Definice z evropské směrnice 2014/55/EU je jednoznačná: e-faktura je faktura vystavená, předaná a přijatá ve strukturovaném elektronickém formátu, který umožňuje její automatické a elektronické zpracování. PDF poslané e-mailem touto definicí neprojde — je to elektronická faktura, ale ne e-fakturav právním slova smyslu.

Klíčový rozdíl má dopad na to, jestli faktura splňuje povinnost pro veřejnou správu, jestli ji můžeš napárovat v ERP a jestli ji bez ručního přepisu zaúčtuješ. Pro malé OSVČ to dnes ještě nemá vliv, ale velké firmy a státní instituce už jedou v tomto režimu několik let.

EU směrnice 2014/55 a 2024 (ViDA)

Evropský právní rámec staví na dvou pilířích:

• Směrnice 2014/55/EU — povinná e-faktura pro veřejné zakázky. Ze 16. 4. 2014, implementace v ČR od 1. 1. 2020 přes zákon č. 134/2016 Sb. o zadávání veřejných zakázek.
• ViDA (VAT in the Digital Age) — balíček schválený v roce 2024 (směrnice 2024/1041), který rozšiřuje strukturovanou e-fakturu i na B2B intra-EU plnění od 1. 7. 2030, přičemž od roku 2027mohou členské státy zavádět vnitrostátní e-faktury bez dohody s EU komisí.

ViDA navíc zavádí pojem Digital Reporting Requirements (DRR) — povinnost reportovat strukturované údaje o intra-EU plněních téměř v reálném čase (do 5 dnů od vystavení faktury). Souhrnné hlášení v dnešní podobě v roce 2030 zaniká.

B2G už od 1. 1. 2020

Pokud fakturuješ státu, kraji, městu, příspěvkové organizaci nebo státnímu podniku, e-faktura je pro tebe povinná už od 1. 1. 2020. Vychází to ze zákona č. 134/2016 Sb. o zadávání veřejných zakázek, § 221, který přejímá směrnici 2014/55/EU.

V praxi to znamená: pokud máš zakázku s veřejnou správou nad limit, který odpovídá pravidlům VZ (typicky 50 000 Kč bez DPH a více pro veřejnoprávní subjekty), musíš e-fakturu vystavit ve strukturovaném formátu (ISDOC, UBL, CII) a předat ji prostřednictvím datové schránky nebo Národního elektronického nástroje (NEN) ve formátu odpovídajícím EN 16931.

ZDPH (zákon č. 235/2004 Sb.) v § 26 odst. 3 navíc říká, že daňový doklad v elektronické podobě je rovnocenný papírovému, pokud je zajištěna věrohodnost původu, neporušenost obsahu a čitelnost po celou dobu jeho uchování (10 let).

Formáty ISDOC × UBL × CII

Existují tři hlavní strukturované formáty, které splňují normu EN 16931 (evropský standard pro e-fakturu):

Pro českou praxi platí: pokud používáš tuzemský ERP (ABRA Flexi, Money S3, Pohoda, Helios), nejjednodušší cesta je ISDOC. Pokud máš zahraniční zákazníky a chceš být kompatibilní napřed, sáhni po UBL 2.1.

Peppol BIS Billing 3.0 jako EU standard

Peppol(Pan-European Public Procurement Online) je síť pro výměnu e-faktur a dalších obchodních dokumentů. Funguje na principu „four corner model“: ty pošleš fakturu svému Peppol Access Pointu, ten ji předá Access Pointu příjemce a ten ji doručí klientovi. Adresace funguje přes Peppol ID(typicky IČO firmy s předponou země).

Formát Peppol je UBL 2.1 podle profilu BIS Billing 3.0. V ČR Peppol Authority spravuje Digital and Information Agency (DIA, dříve NAKIT). Registrace je možná pro firmy i OSVČ a rozhodně se vyplatí, pokud:

• obchoduješ s Norskem, Belgií, Dánskem (povinné),
• děláš veřejné zakázky v EU mimo ČR (Itálie, Polsko, Francie — povinné nebo na pokraji),
• chceš sjednocenou cestu pro všechny EU klienty.

Systém ViESenDi pro B2G v ČR

ViESenDi(Výměna ELektronických Dokumentů, provozovaný DIA) je hlavní brána pro B2G e-faktury v ČR. Funguje jako Peppol Access Point pro veřejnou správu. Vystavíš fakturu v ISDOC/UBL/CII, odešleš ji do ViESenDi a systém ji doručí veřejnoprávnímu odběrateli — ministerstvu, kraji, nemocnici.

Adresace funguje přes IČO odběratele + interní endpoint v rámci ISVS (Informační systémy veřejné správy). Pokud nemáš vlastní Peppol Access Point, můžeš použít jakékoli komerční řešení — Edicom, Basware, Comarch, Pagero, Storecove, a v ČR i Ipsum, Vema, GIST.

Národní elektronický nástroj (NEN)

NENje portál Ministerstva pro místní rozvoj pro celý životní cyklus veřejné zakázky — od vyhlášení zadávacího řízení přes nabídky až po fakturaci a evidenci plnění. Funguje od roku 2018 a pro většinu veřejnoprávních zadavatelů je povinný od 1. 1. 2021.

Pro dodavatele to znamená: pokud chceš dělat veřejné zakázky nad 50 000 Kč, musíš mít účet v NEN, podávat nabídky elektronicky a přes NEN posílat e-fakturu (pokud si zadavatel nezvolí ViESenDi nebo Peppol). Registrace v NEN je zdarma a trvá zhruba jeden pracovní den (ověření identity přes datovku nebo BankID).

Povinné QR platby na faktuře

QR kód s platebními údaji není v ČR zákonem povinný, ale veřejná správa ho v rámci NEN a ViESenDi vyžaduje pro zjednodušené proplácení. ABRA Flexi, Ježek Duel, Money S3, Pohoda — všechny moderní ERP ho generují automaticky.

Standard, který se v ČR používá, je QR Platbadefinovaný Českou bankovní asociací (ČBA, specifikace SPAYD). QR Faktura pak rozšiřuje QR Platbu o údaje o faktuře — číslo, datum, DUZP, DIČ. Zaplacení trvá 5 sekund: naskenuješ v mobilní bance, potvrdíš a hotovo.

Archivace 10 let podle ZoÚ

Zákon č. 563/1991 Sb. o účetnictví v § 31 ukládá podnikatelům archivovat účetní záznamy (faktury, smlouvy, bankovní výpisy) 10 letod konce účetního období, kterého se týkají. Pro DPH platí podle ZDPH § 35a dokonce 10 let od konce zdaňovacího období.

E-faktura archivovaná elektronicky musí splňovat tři principy:

• Věrohodnost původu — umíš prokázat, kdo fakturu vystavil. Typicky digitální podpis nebo časové razítko.
• Neporušenost obsahu — faktura nebyla po vystavení změněna. Hash, podpis, archivní úložiště.
• Čitelnost po celou dobu archivace — formát je za 10 let stále otevíratelný. PDF/A nebo XML splňují, .doc nikoli.

Digitální podpis a eIDAS QES

Pro vyšší důkazní hodnotu e-faktury můžeš použít kvalifikovaný elektronický podpis(QES) podle nařízení EU č. 910/2014 (eIDAS) a českého zákona č. 297/2016 Sb. o službách vytvářejících důvěru. QES vydává v ČR několik akreditovaných certifikačních autorit — Postsignum (Česká pošta), I.CA (První certifikační autorita) a eIdentity.

Trojice variant podpisu, kterou eIDAS rozlišuje:

• Elektronický podpis (ES) — prosté poklepnutí na „podepsat“. Nízká důkazní hodnota.
• Zaručený elektronický podpis (AdES) — jednoznačně přiřazený podepisujícímu. Střední důkazní hodnota.
• Kvalifikovaný elektronický podpis (QES) — ekvivalent vlastnoručního podpisu napříč EU. Nejvyšší důkazní hodnota.

Pro firmu existuje paralelně kvalifikovaná elektronická pečeť (QSeal) — ekvivalent firemního razítka pro právnickou osobu. Pro e-fakturu doporučujeme QSeal, který se snadno integruje do ERP.

DPH a potvrzení příjemce

ZDPH § 26 odst. 2 stanoví, že elektronická faktura může být použita, jen pokud příjemce souhlasí s jejím použitím. Souhlas může být výslovný (smlouva, e-mail) nebo konkludentní — pokud příjemce fakturu přijme a zaplatí, souhlas se předpokládá.

Pro DPH odpočet platí: pokud chceš odepsat DPH z přijaté elektronické faktury, musí splňovat všechny náležitosti daňového dokladu (§ 29 ZDPH) a musíš jí mít fyzicky v držení (uloženou ve svém systému, ne jen odkaz na cloud dodavatele).

Pro kontrolní hlášení(§ 101c ZDPH) platí stejně jako u papírové faktury — vyplníš sekce A a B podle směru plnění. E-faktura ti to ale usnadní: strukturovaná data se nahrávají do ERP automaticky, žádný ruční přepis.

Automatizace přes ERP (ABRA, Ježek, SAP)

Hlavní výhoda e-faktury proti PDF je automatizace. Jakmile máš strukturovaný formát, ERP ti fakturu nahraje, napáruje s objednávkou, navrhne účtovou předkontaci a k odsouhlasení jen klikneš. Žádný OCR, žádné ruční přepisování, žádné chyby z překlepu.

České ERP a jejich podpora

• ABRA Flexi / Gen — full podpora ISDOC, UBL přes import/export, integrace na ViESenDi přes API.
• Ježek Duel / Stereo — ISDOC nativně, UBL přes konektor, vhodné pro malé a střední firmy.
• Money S3 — ISDOC import/export, Peppol přes externí konektor.
• Pohoda — ISDOC podpora, omezená UBL.
• Helios Easy / Orange — ISDOC, UBL, integrace na NEN i ViESenDi.
• SAP, Microsoft Dynamics, Oracle — UBL/CII nativně, Peppol přes Access Point modul, plně kompatibilní s EU normou EN 16931.

E-faktura vs. PDF — rozdíl pro odpočet DPH

Časté nedorozumění: „PDF jsem dostal e-mailem, tak je to e-faktura, ne?“ Není. PDF je obraz, ne strukturovaná data. Pro DPH odpočet je PDF v pořádku (pokud má všechny náležitosti), ale pro automatizaci, B2G a ViDA reporting je k ničemu.

Vzor minimálních polí e-faktury

Norma EN 16931 (a ZDPH § 29) definuje povinné a doporučené prvky. Zde je textový přehled struktury jednoho ISDOC souboru s jádrovými poli, která musí firma v roce 2026 umět vyplnit:

Vypadá to ukrutně technicky, ale 90 % pole vyplní ERP automaticky z tvé fakturní databáze. Ty jen vyplníš položky a klikneš „exportovat ISDOC“. ERP zbytek vygeneruje sám.

Časté chyby ve výchozím nastavení e-faktury

1. Mylně PDF za e-fakturu

Vystavíš fakturu v Excelu, exportuješ do PDF, pošleš e-mailem. Pro klienta-firmu pohoda. Pro veřejnou správu ti to nestačí — musíš poslat strukturovaný ISDOC/UBL přes ViESenDi. PDF příloha k XML je v pořádku jako bonus, ale jen XML se započítává.

2. Bez datové schránky pro B2G

Pokud nemáš datovku a chceš fakturovat státu, ViESenDi ti neumožní přihlášení. Datovka je pro OSVČ povinná od 1. 1. 2023, pro s.r.o. od 1. 7. 2009. Pokud ji ještě nemáš aktivovanou, navštiv Czech Point.

3. Špatný ISDOC profil

Existuje několik profilů ISDOC — standardní, jednoduchý, dohoda. Pokud B2G zadavatel chce profil „5.5“ a ty pošleš „6.0.2“, faktura se odmítne. Vždy si ověř, jaký profil zadavatel požaduje.

4. Chybějící QR Platba u NEN

NEN v některých zakázkách požaduje QR Platbu na PDF příloze. Pokud chybí, zadavatel může fakturu zpochybnit nebo vrátit. Většina ERP QR generuje automaticky, ale ověř si to.

5. Nesprávný formát čísla faktury

Některé veřejnoprávní subjekty mají vlastní pravidla pro číselné řady (např. ÚZSVM). Pokud nepošleš číslo v jejich formátu, faktura projde technicky, ale zařadí se na další „zúkolovou“ frontu s ručním přiřazením, což zpozdí platbu o dny až týdny.

6. Bez kvalifikovaného podpisu

Pokud máš s veřejnou správou rámcovou smlouvu, která vyžaduje QES/QSeal, a ty pošleš nepodepsanou XML, zadavatel je oprávněn fakturu odmítnout. Faktura sice platí, ale platba se zdrží do doby opravy.

7. Archivace jen v e-mailu

Klasická chyba malých firem: faktura v Outlooku v archivu „Odeslané“. Když přijde kontrola po 8 letech, Outlook už dávno přepnul do nové verze a archiv pst neumí otevřít. Vždy archivuj na vlastní úložiště (NAS, S3) ve standardním formátu (PDF/A, XML), ne v mailovém klientu.

Závěr

E-faktura není sci-fi z roku 2030, je realita roku 2026. Veřejná správa už ji vyžaduje šest let, EU schválila ViDA balíček a každá vážná firma se připravuje i na B2B režim po roce 2027. Kdo dnes dobře nastaví ERP, podepíše rámcové smlouvy a vyzkouší pilot s pár klienty, ušetří si v letech 2027–2030 spoustu bolesti.

Strukturovaný formát ti navíc otevírá cestu k plné automatizaci — párování faktur na objednávky, automatické účtování, KPI dashboardy, predikci cashflow. Tohle všechno ze skenovaného PDF nedostaneš.

Začni zdarma — vyzkoušej Dokumentomat a nahraj svou první šablonu smlouvy. Generuj smlouvy v sekundách, fakturu pak připrav v ERP s plnou podporou ISDOC či UBL.